中国科学院直属机关党委（部门）由中编办批准成立，为院机关内设机构（正局级）。直属机关党委的主要职责为：

负责院机关、京区单位党的工作；负责全院党风廉政建设和反腐败工作；负责全院党的宣传、意识形态和思想政治工作；与院党的建设工作领导小组办公室合署办公，指导推进全院党建工作；与院直属机关纪律检查委员会合署办公，履行监督执纪责任，受理对所属党组织、党员违纪行为的检举、控告和申诉，查处院机关、京区单位党组织、处级及以下党员违纪案件；负责院统一战线工作；领导和支持院工会、共青团、妇工委等群团组织开展工作，承担院体协工作等。

中共中国科学院直属机关委员会于2017年7月3日成立，在中央和国家机关工委、中国科学院党组的领导下开展工作，全面负责院部机关、京区科研院所和京区企业等单位党的工作。中共中国科学院直属机关委员会的现任领导成员为：

副书记：孙晓明（兼）、王维佐、刘京红、杨旭；

副书记、纪委书记：刘红辉。